Как решить проблемы зависимости и ошибки при установке пакета qpcR? - PullRequest
Новая
       10

Как решить проблемы зависимости и ошибки при установке пакета qpcR?

0 голосов
/ 27 июня 2018

Я не могу установить пакет qpcR, используя эту команду в R: 

install.packages("qpcR")

Видимо, изначально все выглядит хорошо: 

Installing package into ‘/home/emanuel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/qpcR_1.4-1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4303726 bytes (4.1 MB)
==================================================
downloaded 4.1 MB

* installing *source* package ‘qpcR’ ...
** package ‘qpcR’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-      protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c registerDynamicSymbol.c -o registerDynamicSymbol.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c smth.c -o smth.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o qpcR.so registerDynamicSymbol.o smth.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR

А потом все начинает идти не так: 

usr/bin/ld: cannot find -llapack
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
collect2: error: ld returned 1 exit status
/usr/share/R/share/make/shlib.mk:6: recipe for target 'qpcR.so' failed
make: *** [qpcR.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘qpcR’
* removing ‘/home/emanuel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/qpcR’
Warning in install.packages :
installation of package ‘qpcR’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpOPiQkB/downloaded_packages’

Дополнительная (возможно) релевантная информация:

  • До строк, представленных выше, у меня были проблемы с другой зависимостью от qpcR, пакетом rgl, и я решил попробовать все предложения из другого вопроса: " Ошибка при установке пакета rgl ".
  • Я сделал краткий поиск по поводу "-llpack", "-lblas", "qpcR.so". К сожалению, ничто не кажется (по крайней мере мне) связанным с моей конкретной проблемой.
  • Я использую Mint со следующими спецификациями: версия Linux 4.8.0-53-generic (buildd @ lgw01-56) (версия gcc 5.4.0 20160609 (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1 ~ 16.04.4)) # 56 ~ 16.04 .1-Ubuntu
  • R версия 3.4.4
  • R studio Версия 1.1.453

Заранее спасибо за любую помощь!

1 Ответ

0 голосов
/ 27 июня 2018

удовлетворяет зависимости, используя эту команду в терминале. 

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev

надеюсь, это поможет (Y)

...