Сначала выберите желаемое расширение для файлов, для которых вы хотите иметь такое поведение. Пиу, наверное, хороший выбор.
Назовите ваш файл, и в вашем файловом браузере свяжите этот тип файла с python. В GNOME вы открываете его окно свойств, переходите на вкладку «Открыть с помощью» и вводите python в качестве пользовательской команды.
Теперь вот важная часть: тот маленький диалог, который вы получаете, спрашивает вас, что бы вы хотели сделать с файлом, потому что он помечен как исполняемый. Удалите исполняемый бит с помощью chmod -x. Теперь, когда вы дважды щелкните по нему, он просто откроется с соответствующей программой.
Конечно, если вы хотите запустить его из командной строки, вам теперь придется явно запускать его с python, поскольку он не помечен как исполняемый. Строка shebang больше не имеет значения, но я все равно оставлю ее на тот случай, если кто-то другой пометит ее как исполняемый и ожидает, что она будет работать.