Я не думаю, что он может генерировать операторы SQL, потому что они могут различаться в зависимости от используемого вами механизма БД, но вы можете сгенерировать операторы SQL Alchemy для этого:
from alembic.migration import MigrationContext
from myapp import models
from sqlalchemy import create_engine
engine = create_engine("db_url...")
mc = MigrationContext.configure(engine.connect())
diff_list = compare_metadata(mc, models.meta.metadata) # not needed for this
migrations = produce_migrations(mc, models.meta.metadata) # we need this instead
sqlalchemy_statements = render_python_code(migrations.upgrade_ops))
print sqlalchemy_statements # just to see the result