Когда два HEX-файла объединяются с описанным вами методом, вся символическая отладочная информация теряется.
При запуске сеанса отладки из MPLABX загружается объединенное изображение, но для сеанса отладки загружается только символическая информация из «активного» проекта.
Обходной путь заключается в создании «специального» проекта, который собирает как загрузчик, так и приложение, поскольку один HEX-файл помещает всю символическую информацию в одно пространство имен.
Это, как правило, сложно, и требует создания файла сценария пользовательского компоновщика.