В коде, который вы предоставили, я полагаю, что исправление, которое вы ищете, заключается в изменении этого:
label.after(1000 , lambda: label.destroy())
К этому:
label.after(1000 , label.master.destroy)
Вам нужно уничтожить label.master
(я предполагаю, что это на самом деле корневое окно), потому что если вы этого не сделаете, то на экране появится большая непрозрачная рамка.
Тем не менее я не уверен, почему вы пишете свое приложение таким образом. Я думаю, это работает, и я не знал, что вы могли бы сделать это, но я лично написал бы это, используя корневое окно для работы.
import tkinter as tk
root = tk.Tk()
label = tk.Label(root, text='Text on the screen', font=('Times New Roman','80'), fg='black', bg='white')
label.pack()
root.overrideredirect(True)
root.geometry("+250+250")
root.wm_attributes("-topmost", True)
root.wm_attributes("-disabled", True)
root.wm_attributes("-transparentcolor", "white")
root.after(1000 , root.destroy)
root.mainloop()