Существует множество возможностей, и, по моему мнению, вы предоставляете недостаточно информации о контексте, я постараюсь дать вам общий обзор с моей точки зрения. Я предполагаю, что здесь самым важным аспектом является конфиденциальность ваших данных и аутентификация пользователей. Целостность и доступность данных гораздо менее важны.
Если вам нужна базовая защита, вы можете разрешить MySQL ее обрабатывать с помощью комбинаций имени пользователя и пароля и установить права доступа для данной учетной записи. Однако, поскольку механизм контроля доступа в mysql не является детализированным (вы можете устанавливать правила контроля доступа только для таблицы, а не для строки), это, вероятно, приведет к неправильному дизайну базы данных.
Если вы хотите использовать подход без пароля, вы можете предоставить пользователям клиентские сертификаты и позволить им подтвердить свою личность, представив свои клиентские сертификаты (используйте для этого TLS), или разрешите им что-то подписать (обратите внимание, что это опасно, потому что вы создать так называемый подписывающий оракул).
Другой подход заключается в шифровании ваших данных в базе данных. Вы можете сделать это, получив симметричный ключ из пароля и зашифровав учетные данные этими данными. Выгода здесь, конечно, в том, что ваш протокол деривации ключей должен быть хорошим, и это нелегко сделать (поэтому, если вы выберете это, я советую вам использовать существующие протоколы деривации ключей или использовать потоковый шифр). Посмотрите здесь список потокового шифра http://en.wikipedia.org/wiki/Stream_cipher.
Если вы очень заботитесь о безопасности, вы можете начать думать о таких причудливых решениях, как аутентификация с помощью смарт-карт или синхронизированное по времени устройство защиты от несанкционированного доступа для генерации кодов доступа. Тем не менее, обратите внимание, что эти причудливые решения не предоставляют вам бесплатную защиту, поскольку такие системы внедряются, если это сложно и дорого (из-за развертывания и ), однако, если все сделано правильно, они обеспечивают наилучшую защиту.