По умолчанию JavaFX автоматически использует настройки прокси-сервера вашей операционной системы, это контролируется с помощью настроек Java или значков панели управления Java на вашем Mac или ПК.
Вы также можете установить в Java переменные окружения прокси, но я не пробовал этого.
Если вы пытаетесь запросить внешний ресурс у неподписанного приложения, Java может запросить у вас (пользователя) разрешение при его запуске.