Прочитайте файл, напишите новую копию с дополнительной информацией, затем либо удалите старый файл и переименуйте новый в старый с помощью File.renameTo или Files.move, либо, в противном случае (возможно, лучше), обновите ссылку на точку в новый файл и затем удалите старый.
Например, предположим, что файл snippet.1.html, и вы ссылаетесь на это имя файла, основываясь на записи в базе данных. Вы можете прочитать файл и написать измененную версию как snippet.2.html. Только после этого обновите базу данных, указав snippet.2.html. И только после этого удалите snippet.1.html. Повторяйте при необходимости каждый раз, когда вам нужно обновить файл.