Как оказалось, реализация org.springframework.context.ApplicationContextInitializer
была верным путем. Поскольку в моем проекте я не использую Spring MVC, реализация этого инициализатора должна быть зарегистрирована в web.xml вместо spring.factories . Вот пример:
<context-param>
<param-name>contextInitializerClasses</param-name>
<param-value>my.company.MyContextInitializer</param-value>
</context-param>