Как сказал @Sebastian, я боюсь, что вы можете достичь этого, только вставив blobtrigger в другое приложение Function.
Настройки в host.json регулируют поведение всего приложения Function. И мы не можем отдельно настроить параметры для каждого триггера.
В вашем случае параметры параллелизма в очереди сообщений (bactchSize и newBatchThreshold) влияют на все триггеры, которые одновременно используют сообщения.