Использование EMF для генерации кода из моделей на лету звучит странно. Особенно, когда вы поворачиваетесь и запускаете его. Но я думаю, что это сработает, если вы запустите его в новом экземпляре Eclipse.
Динамическая ЭДС является возможной альтернативой. Однако приложения, использующие динамический подход, сложнее написать и, как правило, требуют больше отладки. (Используя динамическую ЭДС, вы жертвуете большей безопасностью статического типа.) И я не уверен насчет проблемы редактора моделей.
На самом деле, я немного озадачен тем, как вы будете использовать сгенерированные классы Java для экземпляра модели в памяти. Если метамодель изменяется, то так же меняются сигнатуры сгенерированных классов. Как вы можете написать код для работы с API, который постоянно меняется? Если вы говорите «Я генерирую это», учтите, что ваш генератор должен использовать динамическую ЭДС.
На вашем месте я бы спросил в списках рассылки EMF. По моему опыту, если вы зададите разумные вопросы (то есть, которые не слишком расплывчаты и / или умозрительны), вы получите разумные ответы.