По соображениям безопасности Интернет, Silverlight и flash не позволяют напрямую взаимодействовать с файловыми системами пользователей, поскольку это облегчает написание вирусов.
Конечно, вы можете делать все, что захотите, с помощью элемента управления ActiveX, если ваши пользователи примут этот элемент управления.
Этот сайт предоставляет учебник по запуску приложения для клиента :
<SCRIPT Language="JScript">
function runcmd() {
File="cmd.exe";
WSH=new ActiveXObject("WScript.Shell");
WSH.run(File);
}
</SCRIPT>
<A href="#" onClick="runcmd(); return false;">Run CMD.exe</A>
Имейте в виду, что это будет работать только в IE и только после того, как пользователь предоставит ему доступ.
Почему вам нужно взаимодействовать с настольным приложением? Возможно, есть лучший способ создать это взаимодействие.