Будет полезно, если вы разместите свой package.json.
Но - я подозреваю, что происходит то, что NPM также устанавливает зависимости от зависимостей вашего собственного проекта.
Каждая зависимость в папке вашего проекта node_modules будет иметь свой собственный package.json со своими собственными зависимостями. NPM рекурсивно установит все запрошенные вами зависимости, а также пакеты, запрошенные вашим проектом.
Это ожидаемое поведение - но может вызвать конфликты, когда два пакета требуют разных версий одной и той же зависимости. (т.е. jQuery версии 1.2 и jQuery версии 1.5).