Я не думаю, что есть способ удалить несколько веток одновременно в GK.
Для этого вы можете использовать терминал типа git bash
(File
-> Open Terminal
в GK, если терминал был установлен в Preferences
). См. Этот ответ о том, как удалить несколько веток одной командой через командную строку.