Обратите внимание, что ваш массив имеет три измерения, даже если третье может принимать только 0
в качестве индекса, поэтому ваши индексы будут иметь три значения.
Вы можете использовать n-мерный перечислитель numpy для перебора массива, получая список индексов, значение которого равно 0.
zero_indices = [index for index, value in np.ndenumerate(myArray) if value == 0]
Редактировать: ответ Slam должен быть намного быстрее, хотя.