YAML (1.2) - это расширенный набор JSON, но не наоборот.
Таким образом, вам придется отправлять анализатор YAML вместе с вашим установщиком (в качестве сторонней библиотеки) и AFAIK (http://yaml.org/)), и InnoSetup, и Pascal не существует.
Возможно, вы сможете запустить программу из установщика, используя язык, который, наконец, будет читать файл YAML, при условии, что такая программа существует и что у нее есть правильный синтаксический анализатор.
Что определенно будет работать, так это то, что вы сами читаете, обновляете и пишете файл. Замена строк обычно работает в таких случаях. Как правило, это не лучший способ обновления YAML, но если вы отправляете файл в первую очередь, вы точно знаете, как он выглядит, и вам не нужен парсер. Вам понадобится парсер, если синтаксис может измениться для семантически эквивалентного YAML, например ваш блочный стиль преобразован в стиль потока:
{graphs: {Temperature: {plots: {Temperature pcolor: {cmap: nipy_spectral, type: contourf, var: thetao, min: 10.0, max: 35.0, units: Celsius}}},
Salinity: {plots: {Salinity pcolor: {type: contourf, var: so, min: 25.0, max: 50.0, units: Practical Salinity Unit}}}},
logoImage: "D:\\MyApp\\ImageLogos.svg", appTitle: MyApp}