Обычно это делается для того, чтобы установить несколько JRE в отдельных каталогах (JRE_1_5_10, JRE_1_5_16, JRE_1_6_3, ...) и использовать некоторые символические ссылки в качестве ссылок как JRE_1_5, которые будут указывать на последнюю версию JRE 1.5, то же самое для JRE_1_6, и в конце концов, JRE, которая будет указывать на последнюю версию JRE.
Для этого вам просто нужно обновить символические ссылки, когда вы решите использовать более новую версию, и всегда ссылаться на символические ссылки для систем, которые «обновляются».