Я узнал, что «Настройки» можно найти, набрав:
gnome-control-center
По какой-то причине, когда я набрал его, я обнаружил, что он не был установлен (больше!).
Итак, я сделал:
sudo apt-get install gnome-control-center
Теперь «Настройки» снова появляются в «Показать приложения».