Веб-объект действительно имеет HasUniqueRoleAssignments. Это не указано в документации, но оно есть. В JS:
var context = SP.ClientContext.get_current();
var web = context.get_web();
context.load(web, 'HasUniqueRoleAssignments');
context.executeQueryAsync(function(){
if (web.get_hasUniqueRoleAssignments())
console.log("It's unique!");
else
console.log("It inherits!");
}, function(){alert('Oopsie!')});