Конечно!
Попросите Джавака
javac -cp <whatever classpath you have> path/to/YourClass.java
после этого вы скажете
jar uvf yourjar.jar path/to/YourClass*.class
и все готово, ваш .jar обновлен, теперь разверните его!
Помните, что файл .jar - это просто zip-архив с классами и манифестом!
Если ваш java-источник ссылается на какие-либо внешние классы, они вам понадобятся. Но они также нужны вам для фактического использования скомпилированного класса, так что я думаю, что это не большая проблема.