Ситуация излечима с помощью sqlite3 двоичных файлов и следующих шагов отсюда:
http://www.froebe.net/blog/2015/05/27/error-sqlite-database-is-malformed-solved/
Q: Я получаю пустой файл .db после выполнения действий.
A: В этом случае меньше через дамп (файл sql), чтобы увидеть, заканчивается ли он следующей командой:
ROLLBACK; -- due to errors
Если это так, вы должны заменить эту строку командой COMMIT . Для этого запустите:
sed -i '$d' <your_dump_file.sql>
echo "COMMIT;" >> <your_dump_file.sql>
Это сделает работу.