ggplot / ggpubr: annotate_figure игнорируется при экспорте графика - PullRequest
Новая
       22

ggplot / ggpubr: annotate_figure игнорируется при экспорте графика

0 голосов
/ 30 октября 2018

Я пытаюсь комментировать сетку графика, которую я организовал, используя ggarrange() из пакета ggpubr. Для этого я использую функцию annotate_figure() после создания графика.

Моя проблема: когда это делается в интерактивном режиме (т. Е. Не создаются файлы с моим графиком), оно работает идеально, но когда я экспортирую файлы (используя ggexport()), аннотации не отображаются.

Пример: см. пример, приведенный в документации 

data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth
df$dose <- as.factor(df$dose)

# Create some plots
# ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
# Box plot
bxp <- ggboxplot(df, x = "dose", y = "len", color = "dose", palette = "jco")
# Dot plot
dp <- ggdotplot(df, x = "dose", y = "len", color = "dose", palette = "jco")
# Density plot
dens <- ggdensity(df, x = "len", fill = "dose", palette = "jco")

# Arrange and annotate
# ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
figure <- ggarrange(bxp, dp, dens, ncol = 2, nrow = 2)
#> `stat_bindot()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
annotate_figure(figure,
    top = text_grob("Visualizing Tooth Growth", color = "red", face = "bold", size = 14),
    bottom = text_grob("Data source: \n ToothGrowth data set", color = "blue",
                       hjust = 1, x = 1, face = "italic", size = 10),
    left = text_grob("Figure arranged using ggpubr", color = "green", rot = 90),
    right = "I'm done, thanks :-)!",
    fig.lab = "Figure 1", fig.lab.face = "bold"
)

Это работает отлично. Однако, если я добавлю ggexport(figure, "whatever.pdf"), созданный файл не будет содержать аннотации.

Есть идеи, как это решить?

1 Ответ

0 голосов
/ 10 января 2019

Вам просто нужно присвоить annotate_figure (...) переменной для отображения или сохранения, как указано в комментариях.

Вот ответ, где ему присваивается сама переменная: 

figure <- ggarrange(bxp, dp, dens, ncol = 2, nrow = 2)
figure <- annotate_figure(figure,
    top = text_grob("Visualizing Tooth Growth", color = "red", face = "bold", size = 14),
    bottom = text_grob("Data source: \n ToothGrowth data set", color = "blue",
                       hjust = 1, x = 1, face = "italic", size = 10),
    left = text_grob("Figure arranged using ggpubr", color = "green", rot = 90),
    right = "I'm done, thanks :-)!",
    fig.lab = "Figure 1", fig.lab.face = "bold"
)
ggsave(filename="figure.png", plot = figure)
ggexport(figure, filename = "figure2.png")

arranged figure

...