Поиск мотива - Bash - PullRequest
       6

Поиск мотива - Bash

0 голосов
/ 30 октября 2018

Я пытаюсь использовать условие «если» внутри цикла for, чтобы проверить, присутствует ли данный мотив в файле fasta и если да, чтобы напечатать заголовок файла. Когда я выполнил это,

for f in *.fasta ; do
 if [[ cat $f | grep -q "GAEA" ]]; then
   echo $f
   grep "^>" $f | tr -d ">" "
 fi
done

Я получаю сообщение об ошибке: "ожидается условный двоичный оператор"

Я тоже пробовал,

for f in *.fasta ; do
if [[ 'grep 'GAEA' $f' ]];then
   echo $f
   grep "^>" $f | tr -d ">" "
 fi
done

Оба из которых не работают. Куда я иду не так?

...