В настоящее время это невозможно. Kafka Streams отключает функцию TTL в RocksDB жестко, по различным техническим причинам. На это также есть билет: https://issues.apache.org/jira/browse/KAFKA-4212
Насколько известно, вы можете использовать оконное хранилище для истечения срока действия старой записи через 2 дня. Т.е. вы делаете stream.groupByKey().windowedBy(...).reduce(...)
с TimeWindow
в 1 мс и «фиктивным» уменьшением, которое просто возвращает последнее значение для ключа.