Глубина стека в полном журнале имеет очень подозрительное значение 1025 = 1024 + 1.
При ближайшем рассмотрении выясняется, что у вас есть эта повторяющаяся последовательность рекурсивных вызовов:
[INFO] at java.io.File.isDirectory(File.java:844)
[INFO] at sun.net.www.ParseUtil.fileToEncodedURL(ParseUtil.java:269)
[INFO] at sun.security.provider.PolicyFile.canonicalizeCodebase(PolicyFile.java:1735)
[INFO] at sun.security.provider.PolicyFile.access$700(PolicyFile.java:258)
[INFO] at sun.security.provider.PolicyFile$5.run(PolicyFile.java:1188)
[INFO] at sun.security.provider.PolicyFile$5.run(PolicyFile.java:1186)
[INFO] at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
[INFO] at sun.security.provider.PolicyFile.getPermissions(PolicyFile.java:1185)
[INFO] at sun.security.provider.PolicyFile.getPermissions(PolicyFile.java:1132)
[INFO] at sun.security.provider.PolicyFile.implies(PolicyFile.java:1086)
[INFO] at com.google.appengine.tools.development.IsolatedAppClassLoader$ProxyPolicy$2.run(IsolatedAppClassLoader.java:418)
[INFO] at com.google.appengine.tools.development.IsolatedAppClassLoader$ProxyPolicy$2.run(IsolatedAppClassLoader.java:415)
[INFO] at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
[INFO] at com.google.appengine.tools.development.IsolatedAppClassLoader$ProxyPolicy._implies(IsolatedAppClassLoader.java:415)
[INFO] at com.google.appengine.tools.development.IsolatedAppClassLoader$ProxyPolicy.implies(IsolatedAppClassLoader.java:42005)
[INFO] at java.security.ProtectionDomain.implies(ProtectionDomain.java:285)
[INFO] at java.security.AccessControlContext.checkPermission(AccessControlContext.java:450)
[INFO] at java.security.AccessController.checkPermission(AccessController.java:884)
[INFO] at java.lang.SecurityManager.checkPermission(SecurityManager.java:549)
[INFO] at com.google.appengine.tools.development.DevAppServerFactory$CustomSecurityManager.checkPermission(DevAppServerFactory.java:429)
[INFO] at java.lang.SecurityManager.checkRead(SecurityManager.java:888)
[INFO] at java.io.File.isDirectory(File.java:844)
... repeating 49 times or so
Я не пользователь Java, но если я правильно его интерпретирую, возможно, вы слишком глубоко обрабатываете структуру каталогов.
Если это так, либо измените структуру каталогов, либо измените свой код, чтобы ограничить его глубину за один раз.