Стандартные API Java распространяются между JavaSE (стандартная версия) и JavaEE (корпоративная версия). JMS является частью JavaEE. JDK включает только JavaSE.
Это не означает, что JMS не старая, она есть и не менялась годами. Это не самый лучший API Sun, когда-либо созданный, но он справляется со своей работой.
Так же, как JDK включает реализацию API-интерфейсов JavaSE, если вы хотите использовать любой из API-интерфейсов JavaEE, вам необходима их реализация. JMS имеет много реализаций, некоторые из которых входят в состав сервера приложений JavaEE, другие являются автономными реализациями.