Вороной объем накопления - PullRequest
Новая
       7

Вороной объем накопления

0 голосов
/ 30 октября 2018

Я пытаюсь вычислить вороной объем воды, окруженной ближайшим кислородом. Для данного кислорода, включенного в отсечение, я пытаюсь рассчитать каждый объем воронои для эталонной молекулы воды. Вот мой код 

from numpy import *
import glob
box = 3.73014
list_of_files = glob.glob('./npt11.txt')
for file_name in list_of_files:
    f = loadtxt(file_name, float)
    g = zeros(3)
    # Specify a Donor water molecule's coordinate

        for i in range(0,5181,3):
        # Donor Oxygen vector
        x_DO = f[i, 0]
        y_DO = f[i, 1]
        z_DO = f[i, 2]
        r_DO = [x_DO, y_DO, z_DO]

        # Specify an around water molecules
        # DOAO vector list included in cut-off

        list_of_DOAO = []
        for j in range(i+3,5184,3):
            x_AO = f[j,0]
            y_AO = f[j,1] 
            z_AO = f[j,2]

            # DO-AO vector using periodic boundary condition
            x_DOAO = x_AO - x_DO
            x_DOAO = x_DOAO - box*round(x_DOAO/box)
            y_DOAO = y_AO - y_DO
            y_DOAO = y_DOAO - box*round(y_DOAO/box)
            z_DOAO = z_AO - z_DO
            z_DOAO = z_DOAO - box*round(z_DOAO/box)
            r_DOAO = [x_DOAO, y_DOAO, z_DOAO]
            r_DOAO_rev = [-x_DOAO, -y_DOAO, -z_DOAO]

            # DO-AO vector length
            rc = sqrt(dot(r_DOAO, r_DOAO))
            # Cut-off calculation
            # 1. Spherical searching of DO-AO distance
            if rc < 0.35:
                # Store the list of AO within the cut-off distance
                list_of_DOAO.append(r_DOAO)
        points = array(list_of_DOAO)
        ConvexHull(points)

В этот момент я получил сообщение об ошибке, как показано ниже 

QhullError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-1312b5bd2eaf> in <module>()
     98                 list_of_DOAO.append(r_DOAO)
     99         points = array(list_of_DOAO)
--> 100         ConvexHull(points)
    101 

qhull.pyx in scipy.spatial.qhull.ConvexHull.__init__()

qhull.pyx in scipy.spatial.qhull._Qhull.__init__()

QhullError: QH6214 qhull input error: not enough points(3) to construct 
initial simplex (need 4)

While executing:  | qhull i Qt
Options selected for Qhull 2015.2.r 2016/01/18:
run-id 1666097638  incidence  Qtriangulate  _pre-merge  _zero-centrum

Как я мог их починить?

...