Вы должны использовать проекцию, чтобы получить только поле меню.
db.collection("restaurants").find( { name: String(name), "menus._id": Number(id) }, { _id: 0, menus: 1 } ).toArray( function(err,result) { } );
с проекцией или без нее, по умолчанию возвращается поле _id
, его необходимо отключить, установив для поля _id
значение 0. 0 означает, что значение этого поля не отображается, а 1 - наоборот.