Да, вы можете сделать именно так, как вы сказали,
в module1.py вам просто нужно импортировать module2.py как «import module2» или если функция находится внутри класса,
вы можете импортировать его как "из module2 import classname"
Затем вы можете создать объект класса и затем вызвать метод. Вам нужно вернуть объект dataframe из функции run, чтобы использовать его. Вы также можете оставить его глобальным, но рекомендуемый способ действий.
например, если у вас есть класс
from module2 import MyClass
my_obj1 = MyClass()
df1 = my_obj1.run(param1,param2 etc)