Вы ошиблись. Если вы хотите отладить 2-е приложение (c #) Программа B , то это проект, который вы должны были загрузить в Visual Studio.
В настройках отладки для приложения c # установите
Свойства -> Отладка -> Запуск внешней программы до Программа A
Это позволит вам затем установить контрольные точки в коде c # программы B.
То же самое происходит, если вы работаете над проектом .dll; вы хотите установить в нем контрольные точки; но DLL вызывается .exe вне вашего контроля (скажем, нативный процесс). Вы устанавливаете Запуск внешней программы, как указано выше, и задаете путь к внешнему процессу.
С другой стороны
Вы можете Debug.Attach to Process, но это требует тщательной синхронизации, процесс должен быть запущен первым, и вам нужно скрестить пальцы, чтобы рассматриваемая строка не была выполнена, прежде чем вы сможете установить точку останова. (Обычно вы не можете установить точку останова, пока не приложите сначала)