В doxygen нет статистики по количеству используемых \todo команд.
Для этого можно получить число \todo, например. в случае * nix (или расширенных окон необходимыми командами через Cygwin или GNU) с помощью grep -c -w "[\\@]todo" -r <directory>. Вывод может быть перенаправлен в псевдоним (см. Файл конфигурации doxygen (Doxyfile), тег ALIASES) или во входной файл (для использования в качестве отдельного файла или с помощью \includedoc).