Решение : Поиск и удаление html-версий файлов уценки из репозитория.
например:.
$ ls docs/css_notes
docs/css_notes/css_crib_notes.md
docs/css_notes/css_crib_notes.html
$ git rm docs/css_notes/css_crib_notes.html
$ git commit -m "Removed html exported version of markdown file"
Объяснение :
Оказывается, я случайно добавил в репозиторий HTML-версию экспортированного файла уценки, который GitHub Pages отображал вместо того, чтобы генерировать его из обновленного файла уценки.