Невозможно вызвать «spark-submit» изнутри scala через системный вызов, по-видимому, из-за того, что параметр «--jars» (с подстановочным знаком *) не раскрывается - PullRequest
Новая
       13

Невозможно вызвать «spark-submit» изнутри scala через системный вызов, по-видимому, из-за того, что параметр «--jars» (с подстановочным знаком *) не раскрывается

0 голосов
/ 31 октября 2018

После вызова "spark-submit" нормально работает в оболочке 

/bin/bash -c '/local/spark-2.3.1-bin-hadoop2.7/bin/spark-submit --class analytics.tiger.agents.spark.Orsp --master spark://analytics.broadinstitute.org:7077 --deploy-mode client --executor-memory 1024m --conf spark.app.id=Orsp --conf spark.executor.extraJavaOptions=-Dconfig.file=/home/unix/analytics/TigerETL3/application.conf --conf spark.driver.extraJavaOptions=-Dconfig.file=/home/unix/analytics/TigerETL3/application.conf --jars "/home/unix/analytics/TigerETL3/spark-jars/*.jar" /home/unix/analytics/TigerETL3/spark-agents.jar'

однако, когда я просто преобразовал его в системный вызов в Scala следующим образом: 

val cmd = Seq("/bin/bash", "-c", s"""/local/spark-2.3.1-bin-hadoop2.7/bin/spark-submit --class analytics.tiger.agents.spark.Orsp --master spark://analytics.broadinstitute.org:7077 --deploy-mode client --executor-memory 1024m --conf spark.app.id=Orsp --conf spark.executor.extraJavaOptions=-Dconfig.file=/home/unix/analytics/TigerETL3/application.conf --conf spark.driver.extraJavaOptions=-Dconfig.file=/home/unix/analytics/TigerETL3/application.conf --jars "/home/unix/analytics/TigerETL3/spark-jars/*.jar" /home/unix/analytics/TigerETL3/spark-agents.jar""")
import scala.sys.process._
val log = cmd.lineStream.toList
println(log.mkString)

выдает ошибку 

Warning: Local jar /home/unix/analytics/TigerETL3/spark-jars/*.jar does not exist, skipping.
Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: scalikejdbc/DB
        at java.lang.Class.getDeclaredMethods0(Native Method)
        at java.lang.Class.privateGetDeclaredMethods(Class.java:2701)
        at java.lang.Class.privateGetMethodRecursive(Class.java:3048)
        at java.lang.Class.getMethod0(Class.java:3018)
        at java.lang.Class.getMethod(Class.java:1784)
        at org.apache.spark.deploy.SparkSubmit$.org$apache$spark$deploy$SparkSubmit$$runMain(SparkSubmit.scala:739)
        at org.apache.spark.deploy.SparkSubmit$.doRunMain$1(SparkSubmit.scala:180)
        at org.apache.spark.deploy.SparkSubmit$.submit(SparkSubmit.scala:205)
        at org.apache.spark.deploy.SparkSubmit$.main(SparkSubmit.scala:119)
        at org.apache.spark.deploy.SparkSubmit.main(SparkSubmit.scala)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: scalikejdbc.DB
        at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:381)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:424)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:357)
        ... 10 more

Исключение предполагает, что шаблон * .jars по какой-то причине не расширяется (даже если он отлично работает в оболочке). Перечисление всех банок в CSV-списке не очень привлекательно, было бы монстром - 187 банок. Я испробовал любой трюк, о котором только мог придумать, и потерпел неудачу, но долгое время не был так расстроен.

Помощь оценена! Спасибо

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 31 октября 2018

Хорошо, я понял это. Мне пришлось прочитать сценарии Spark, чтобы понять, что если SPARK_HOME и JAVA_HOME отсутствуют, Spark предпримет ряд шагов, пытаясь определить его. Моя первоначальная команда Scala (включая двойные кавычки) была в порядке - мне нужно было определить только эти 2 переменные, такие как 

val cmd = Seq("/bin/bash", "-c", s"""JAVA_HOME=/broad/software/free/Linux/redhat_7_x86_64/pkgs/jdk1.8.0_121 SPARK_HOME=/local/spark-2.3.1-bin-hadoop2.7 /local/spark-2.3.1-bin-hadoop2.7/bin/spark-submit --class analytics.tiger.agents.spark.Orsp --master spark://analytics.broadinstitute.org:7077 --deploy-mode client --executor-memory 1024m --conf spark.app.id=Orsp --conf spark.executor.extraJavaOptions=-Dconfig.file=/home/unix/analytics/TigerETL3/application.conf --conf spark.driver.extraJavaOptions=-Dconfig.file=/home/unix/analytics/TigerETL3/application.conf --jars "/home/unix/analytics/TigerETL3/spark-jars/*.jar" /home/unix/analytics/TigerETL3/spark-agents.jar""")

и он работает как шарм.

0 голосов
/ 31 октября 2018

Вам нужно удалить двойные кавычки "" при указании --jars. Вы можете попробовать это? 

val cmd = Seq("/bin/bash", "-c", s"""/local/spark-2.3.1-bin-hadoop2.7/bin/spark-submit --class analytics.tiger.agents.spark.Orsp --master spark://analytics.broadinstitute.org:7077 --deploy-mode client --executor-memory 1024m --conf spark.app.id=Orsp --conf spark.executor.extraJavaOptions=-Dconfig.file=/home/unix/analytics/TigerETL3/application.conf --conf spark.driver.extraJavaOptions=-Dconfig.file=/home/unix/analytics/TigerETL3/application.conf --jars /home/unix/analytics/TigerETL3/spark-jars/*.jar /home/unix/analytics/TigerETL3/spark-agents.jar""")
import scala.sys.process._
val log = cmd.lineStream.toList
println(log.mkString)
...