Для стандартной установки у вас должна быть эта папка
C:\Users\<USERNAME>\.anaconda\navigator\scripts
Если это так, запустите anaconda-navigator-app.bat
и посмотрите, работает ли он.
P.S .: Я действительно больше не могу рекомендовать Spyder, так как у него много проблем, особенно если вы можете работать с Qt. Код VS, кажется, лучшая альтернатива.