Файл схемы обычно представляет собой серию команд SQL. Вы должны быть в состоянии отправить все эти команды - по крайней мере, одну за другой - через JDBC в базу данных. Если ваш текстовый файл имеет формат не-sql, сначала вам нужно «преобразовать его в SQL».