Проблема заключалась в том, что исходное дерево было создано с использованием git, работающего в подсистеме bash_on_windows. Был каталог под названием AUX, который не может быть доступен из окон. Удаление этого каталога AUX И копирование всего дерева в другое место решило эту проблему.