Для установки:
pip install scikit-image
Чтобы проверить, какая версия установлена:
pip show scikit-image
Для использования в Python:
import skimage
или, что-то более конкретное:
from skimage.morphology import skeletonize
Если это не сработает, выполните каждую из следующих команд и вставьте вывод в свой вопрос:
which pip
pip -V
which python
python -V