Я думаю, что если вы используете миграцию, как вы
migrate.init_app(app, db)
что вы сначала должны импортировать его, а затем объявить:
from flask_migrate import Migrate
migrate = Migrate()
migrate.init_app(app, db)
или я думаю, что вы могли бы сделать:
from flask_migrate import Migrate
migrate = Migrate(app, db)