Нет проблем, связанных с Qt Creator, потому что Qt Creator является IDE и имеет приблизительно ноль в зависимости от того, работают ли продукты для сборки или нет. MSVC 2017 - это поддерживаемая платформа Qt, так что с этим у вас все будет хорошо. Тогда вы можете спросить, добавляет ли MSVC 2017 какие-либо проблемы по сравнению с mingw. По моему опыту, раньше все было наоборот: обычно mingw добавлял проблемы, связанные с постоянно запаздывающими заголовками платформы по сравнению с MSVC. Надеюсь, в наши дни они должны быть на одном уровне.
Сборка выполняется в два этапа: qmake (или cmake), за которыми следует make. Qt Creator просто запускает эти два, с окружением, настроенным так, как будто vcvars был вызван первым. Вы получите идентичные сборки из командной строки, вызвав vcvarsall, qmake (или cmake), затем nmake (или jom или ninja, в зависимости от обстоятельств).
" некоторые функции больше не работают " не очень полезны: пожалуйста, измените вопрос, чтобы объяснить, что именно не работает. В идеале покажите несколько тестовых случаев, которые воспроизводят проблему. Вполне возможно, что у вас было какое-то неопределенное поведение, которое не создавало уродливую голову компилятору gnu, но имело место с MSVC. Это не редкость в больших проектах, если они не были разработаны с хорошим охватом тестами и статическим анализом.