Имена файлов не влияют на результат, вы можете называть их как хотите.
Даже расширения - это просто условные обозначения, упрощающие жизнь человека.
Вам просто нужно убедиться, что все приложения, использующие их, будут использовать свое собственное имя.
Мой личный совет - использовать полное имя домена в имени файла, особенно если вам нужно поддерживать много разных сертификатов (в этом случае вам может понадобиться обрабатывать сертификаты для example.com
и example.net
одновременно если это два разных сертификата, вам потребуется TLD в имени файла, чтобы различать их).