Я думаю, что основным является согласованность данных. Если вы храните все вместе в одной таблице базы данных, вам не нужно беспокоиться (столько) о внешнем изменении или удалении файла без синхронизации метаданных. Существует также возможность неполной записи, если сервер не работает во время обновления. В этом случае вы должны предпринять свои собственные шаги для осуществления транзакций.
Я думаю, что при соответствующем уровне заботы и прав доступа к файлам эти проблемы могут быть преодолены.