Единственный способ сделать это в Windows - прочитать реестр. В сообщении Джеффа Стори есть ключ reg, который вам нужен. Что касается этого с Java, мой первоначальный ответ был: вы не можете без использования JNI.
Но потом я немного погуглил и нашел эту библиотеку
Этот подход немного нов, поскольку он включает доступ к частям реализации Sun Preferences API, которые обычно недоступны. Это, конечно, не будет совместимо с различными JVM и может сломаться по мере развития JRE Sun - но ... хорошо - держу пари, это будет полезно по крайней мере пару лет, может быть, дольше. И это намного проще, чем писать JNI самостоятельно ...