Я не думаю, что такой запрос возможен.
Лучшее, что я могу придумать, - это сохранить поле в родительском документе, которое помечается, когда вы добавляете что-то во вложенную коллекцию.
db.collection("stuff")
.whereEqualTo("fu", true)
.whereEqualTo("somethingAddedToSubcollection", true);
По общему признанию, не идеал, поскольку каждая запись во вложенную коллекцию теперь требовала бы второй записи в самом документе, поэтому я надеюсь, что кто-то другой знает лучшее решение.