git clone
выполняется с вашей текущей (локальной Linux) учетной записью, а не root
.
Так что sudo chown -R root
ничего бы не изменило.
Проверьте права, связанные с вашим текущим путем, и убедитесь, что вы (ваша текущая учетная запись) имеете право писать в нем.