Если вы конфигурируете свой проект только в IntelliJ, ваша конфигурация gradle не изменится, потому что это только конфигурация IntelliJ.
«Нормальный» способ: сначала вы устанавливаете конфигурацию Gradle, а затем просто открываете свой проект в IntelliJ. Внутри InTelliJ все будет работать автоматически.
Вот документация , объясняющая, как добавить подпроект в gradle.