После нескольких часов поиска я нашел его.
library(igraph)
library(ggraph)
gr <- graph_from_data_frame(flare$edges, vertices = flare$vertices)
ggraph(gr, 'dendrogram') +
geom_edge_link() +
geom_node_point(aes(filter=leaf==TRUE, size=3, color="white") , alpha=0.5)+
geom_node_point(aes(filter=leaf==FALSE, size=3, color="red") , alpha=0.5)
Также возможно отфильтровать свойство, если оно доступно в вершинах.