Это не ограничение, вызванное приложением для Android, но, скорее всего, вызванное Чарльзом.
Чарльз - прокси, но только прокси для HTTP (S). Есть много приложений, которые общаются с сервером, используя не HTTP-протокол (например, raw-сокет). В таком состоянии Чарльз не может перехватывать запросы и ответы.