Есть ли способ применить эти результаты непосредственно в коде, например, удалить неиспользуемые переменные, которые были найдены?
AFAIK, нет, нет.
Основная проблема заключается в том, что большинство правил PMD либо обнаруживают потенциальные проблемы, либо не имеют перезаписи, которая может быть надежно автоматизирована.
Во всяком случае, PMD не поддерживает переписывание.
С другой стороны, в таких средах разработки, как Eclipse и Intellij, предлагаются мастера для выполнения рефакторинга ... без какой-либо прямой интеграции с PMD или аналогичными.
(Для чего это стоит, «рефакторинг» для удаления неиспользуемой локальной переменной настолько прост, что вряд ли стоит того, чтобы его реализовать. И, вообще, если у вас достаточно проблем с вашим кодом, который перехватывает PMD вплоть до автоматической перезаписи стоит того, чтобы у вас возникла «проблема» с тем, как вы пишете свой код!)