Да, хотя, по моему опыту, поддержка несколько нечеткая.
RStudio использует MathJax для отображения LaTeX. Это не все LaTeX, это подмножество, предназначенное для отображения выражений математического режима на веб-странице. Вы можете прочитать подробности здесь: https://docs.mathjax.org/en/latest/tex.html.
Из раздела «Определение макросов TeX» этой веб-страницы:
Вы можете использовать команды \ def, \ newcommand, \ renewcommand, \ newenvironment, \ renewenvironment и \ let для создания собственных макросов и сред. Однако, в отличие от реального TeX, чтобы MathJax мог обрабатывать такие определения, они должны быть заключены в разделители математических операций (поскольку MathJax обрабатывает макросы только в математическом режиме).
Так что, если у вас есть что-то вроде
$$
\newcommand{\myexp}{\exp}
$$
в вашем html_document, вы можете использовать \myexp позже. Но это не работает в pdf_document. Как я уже сказал, пятнистый.
Вообще говоря, я бы не использовал Markdown в RStudio для серьезного документа LaTeX, который нуждается в макроопределениях. Используйте knitr Sweave-подобный формат в TeXworks или TeXShop и установите обработчик, чтобы вязание поддерживалось.