Вы пробовали отключить Instant Run?
Мне нужно больше информации о вашей конфигурации, но похоже, что вы, вероятно, включили Instant Run. Чем больше и сложнее становится ваш проект, тем выше влияние на производительность IDE.
Если вы еще не пробовали, стоит попробовать:
Android Studio -> Настройки -> Сборка, выполнение, развертывание -> Мгновенный запуск